Mini Workshop sur la recherche reproductible
Le réseau MBS organise un mini-workshop d’une demi-journée sur la recherche reproductible le mercredi 23 juin de 9h à 12h30, en ligne par visio-conférence.
L’objectif de cet événements est de sensibiliser la communauté aux enjeux de la recherche reproductible [1] en 2021 ainsi qu’aux implications sur l’organisation de nos activités de recherche et aux avantages pour améliorer la qualité de nos travaux.
Ce mini-workshop est co-organisé par :
– le réseau Montpellier Bio-Stats (https://groupes.renater.fr/wiki/montpellier-biostat)
– l’initiative clé Muse (KIM) « Data & Life Science » (https://muse.edu.umontpellier.fr/key-initiatives-muse/data-life-sciences/)
– l’Institut de Science des Données de Montpellier (https://isdm.umontpellier.fr/)
– le groupe inter-direction sur la science ouverte à l’Université de Montpellier (https://bibliotheques.edu.umontpellier.fr/science-ouverte/)
L’inscription sera gratuite mais obligatoire. https://mtp-rr2021.sciencesconf.org/
https://groupes.renater.fr/wiki/montpellier-biostat/public/event/workshop_20210623_rr
Voici le programme :
1. introduction par Arnaud Legrand (LIG), 45 minutes : « Crise de la reproductibilité et Science ouverte »
2. Équipe Montpellier-BioStats (MBS), 45 minutes : bonne pratiques et info utiles pour la recherche reproductible
3. Julien Chiquet (Inrae), 15minutes : présentation de Computo, nouveau journal de la Société Française de Statistiques (SFdS), « un journal ouvert avec des contributions reproductibles »
4. Loïc Desquilbet (École Vétérinaire Alfort), 15 minutes : reproductibilité pour la recherche en biométrie (mise en garde sur l’usage des p-values)
5. Nicolas Barrier (IRD MARBEC), 15 minutes : retours d’expérience, gérer ses codes numériques via GitHub et Zenodo (a chaque nouvelle « release » du code, Zenodo génère automatiquement un nouveau DOI), exemple https://github.com/ichthyop/ichthyop
6. Alexandre Gramfort (Inria) ou Thomas Moreau (Inria), 15 minutes : easy and reproducible optimization benchmark with Benchopt (https://benchopt.github.io/)
7. Équipe MBS, 15 minutes : reproductibilité en R
8. Équipe MBS, 15 minutes : reproductibilité en Python
Référence :
[1] Desquilbet, Loïc, Sabrina Granger, Boris Hejblum, Arnaud Legrand, Pascal Pernot, et Nicolas P. Rougier. Vers une recherche reproductible : Faire évoluer ses pratiques. Bordeaux : Urfist de Bordeaux, 2019. ISBN : 979-10-97595-05-0 ; https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02144142 et https://github.com/rr-france/bookrr (version web disponible en ligne)